محمد شاه در ششم شوال 1264 قمری (چهارم سپتامبر 1848) از دنیا رفت. ناصرالدین میرزا بلافاصله بعد از آگاهی از این خبر به کمک میرزا تقی خان فراهانی از تبریز به قصد پایتخت عزیمت کرد و بمحض رسیدن به تهران شب شنبه 22 ذیقعده 1264به تخت سلطنت نشست و با لقب «اتابک اعظم» دستخطی بدین مضمون به عنوان امیر صادر نمود:
امیر نظام
ما تمام امور ایران را به دست شما سپردیم و شما را مسئول هر خوب و بدی که اتفاق افتد می‌دانیم. همین امروز شما را شخص اول ایران کردیم و به عدالت و حسن رفتار شما با مردم کمال اعتماد و وثوق داریم و بجز شما به هیچ شخص دیگری چنین اعتقادی نداریم. و به همین جهت این دستخط را نوشتیم.
زمامداری ایران در آن زمان کار‌ی خرد و آسان نبود، نا امنی سراسر کشور را فرا گرفته بود، شورش‌ها در بیشتر ولایات برخاسته و وحدت سیاسی ایران را تهدید به تجزیه می‌کرد و دولت مرکزی ناتوان و خزانه تهی بود. اینها و ده‌ها مشکل خرد و کلان دیگر پیش روی امیر بود.
بیش از یک سال طول کشید، که امیر سرو صورتی به وضع بی‌سامان مملکت داد شورش‌ها را بر انداخت و زمینه اصلاح و ترقی را آماده گردانید، ولی هنوز نه تنها پایه صدارت امیر کاملا استوار نگشته بود، اساس سلطنت دودمان قاجار آینده‌ای ابهام آمیز داشت.
نخستین قدم امیر در اصلاح مالیه و کاستن مواجب‌ها و مستمری‌های کلان، اعیان دولت را علیه صدارت او بر انگیخت از سوی دیگر مخالفت جدی امیر با مداخله روس و انگلیس آنان را به اندیشه تغییر صدراعظم انداخت. امیر با جریان‌هایی توانمند و قوی که مخالف او بودند، روبرو بود. در سال نخست صدارت با فتنه دامنه داری که به قصد بر انداختن او بر پا شد روبرو گردید و او توانست آن را مهار کند. نکته بسیار با معنی اینکه مردم شهر ار او حمایت کردند.
مردم «دکان و بازار و کاروانسرا‌ها را بستند و به مقابله سر بازان یاغی بر خاستند» / گزارش فرانت به پالمرستون در 17مارس1849.
در این‌باره نماینده انگلیس می‌نویسد:
«... در راه بازگشت امیر به در بار سلطنتی مردم شهر به دنبال او روان بودند، گوسفندان قربانی کردند و استقبال شاهانه‌ای از او نمودند. امروز برای شاه روز سرورانگیزی بود ... در این مملکت هیچوقت چنین تظاهراتی به نفع وزیری دیده نشده است ...» / گزارش فرانت به پالمرستون، همان.
مبارزه روس و انگلیس و اعیان و اشراف فاسد دربار با امیر که همه در غارت حقوق ملت ایران وجه اشتراک داشتند، هرچند در سالهای نخست نتیجه‌ای نداد، اما سرانجام این مرد بزرگ را دون‌صفتان از پای درآوردند و او را در حافظه تاریخی این ملت و آزاداندیشان جهان برای همیشه معلمی «کبیر» و ماندگار کردند.
به اعتقاد واتسون:
«... اگر میرزا تقی‌خان می‌ماند و اندیشه‌های خود را به انجام می‌رسانید - بدون تردید در زمره آن کسانی شمرده می‌شد که به عقیده برخی از سوی خدا به رسالت تاریخی برگزیده گشته‌اند ...» / R. watson,p. 404. / امیرکبیر و ایران (آدمیت).
درسی از امیر را که این مطلب در نظر دارد تا به ما بیاموزد، باید از جمله‌ای پر معنا که امیر یک قرن و نیم پیش گفته بر گرفت:
فضای اصلاح طلبانه و اندیشمندانه دستگاه ولیعهدی تبریز که میرزا بزرگ فراهانی پایه‌ریزی کرده بود و پسرش قایم مقام و بعد امیر آنرا تداوم داده بودند، از ناصرالدین میرزا که جوانی را در آن حال و هوا گذرانده بود، شاهی (فضای ملوث دربار و عادت ایرانیان در برخورد با رهبران، او را زود به مسیر همیشه آلوده پادشاهی کشاند) وطن پرست و دوستدار ملت ساخته بود. بنابراین در سالهای نخست سلطنت از ناپاکی‌های مرسوم و معمول جامه پادشاهی عاری بود و با مشاهده مجاهدت‌های امیر در راه آبادانی این مرز و بوم او هم دغدغه مردم را داشت و مشتاق این تحولات بود.
روزی ناصرالدین شاه از امیر می‌پرسد برای داشتن مملکتی بزرگ و آباد چه نیاز است. امیر با صراحت لهجه‌ای شجاعانه پاسخ می‌دهد:
«پادشاهی می‌خواهد چون شاه اسماعیل، سردار سپه‌ای چون نادر و صدراعظمی چون من»
